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Cientistas descobriram 1200 novas espécies de micróbios

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Os micróbios são organismos que só podem ser vistos no microscópio. Eles incluem os vírus, bactérias, protozoários, algas unicelulares, fungos e ácaros. E para cultivar micróbios em uma placa de Petri é uma coisa muito simples. Basta esfregar praticamente em qualquer coisa, limpar uma placa de ágar, deixar descansar por alguns dias em uma sala quente e pronto.

No entanto, as espécies microbianas que são possíveis ser cultivadas em uma placa de Petri são apenas uma fração minúscula das bactérias e outros microorganismos que seriam coletados pelo cotonete. Que são apenas aqueles que são adequados às condições em que foram cultivados.

A grande maioria dos microorganismos não gosta dos ambientes que os humanos podem oferecer. Por conta disso não crescem de forma obediente em uma placa de Petri.

Uma equipe internacional de pesquisadores encontrou 12.556 novas espécies de bactérias e arqueias que nunca foram cultivadas em um laboratório. Eles os encontraram usando uma técnica chamada metagenômica.

“Fomos capazes de reconstruir milhares de genomas montados em metagenoma (MAGs) diretamente a partir de amostras ambientais sequenciadas sem a necessidade de cultivar os micróbios em laboratório. O que torna este estudo realmente diferente dos esforços anteriores é a notável diversidade ambiental das amostras que analisamos”, disse o geneticista e primeiro autor do DOE Joint Genome Institute, Stephen Nayfach.

Micróbios

A equipe teve acesso a um banco de dados gigante com mais de 10 mil metagenomas, que é um termo que significa todo o material genético de uma amostra ambiental. Então, qualquer DNA que eles conseguem extrair é clonado e sequenciado usando minúsculas fitas de genoma. Isso antes deles tentarem encaixar esses pedaços pequenos de DNA todos juntos de novo.

Usando uma técnica chamada binning a equipe conseguiu juntar 52.515 MAGs a partir dos dados, e muitos deles de alta qualidade e todo com mais de 50% do seu genoma completo.

Essa equipe não foi a primeira a encontrar micróbios usando metagenômica. Em 2018, cientistas descobriram 16 vírus gigantes. Em 2017, eles encontraram 20 novos ramos evolutivos na  árvore da vida usando esse método.

“Realizamos montagem metagenômica e binning em 10.450 metagenomas globalmente distribuídos de diversos habitats, incluindo oceano e outros ambientes aquáticos, humanos e ambientes associados a hospedeiros animais, bem como solos e outros ambientes terrestres, para recuperar 52.515 MAGs. O catálogo expande a diversidade filogenética conhecida de bactérias e arqueas em 44%”, escreveu a equipe em seu artigo.

E quando a equipe verificou em comparação com genomas de isolados, MAGs de estudos anteriores e genomas de células individuais, eles descobriram que 12.556 dos 50 mil MAGs nunca tinham sido seqüenciados antes.

“Olhando através da árvore da vida, é impressionante quantas linhagens não cultivadas são representadas apenas por MAGs. Embora esses genomas sejam imperfeitos, eles ainda podem revelar muito sobre a biologia e a diversidade de micróbios não cultivados”, disse Nayfach.

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